復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院（原上海醫(yī)科大學(xué)）創(chuàng)建于1927年，創(chuàng)立時名為國立第四中山大學(xué)醫(yī)學(xué)院，是中國人創(chuàng)辦的第一所國立大學(xué)醫(yī)學(xué)院，顏福慶出任首任院長。1932年，獨立為國立上海醫(yī)學(xué)院（簡稱上醫(yī)）。院訓(xùn)是“正誼明道”，出自《漢書·董仲舒?zhèn)鳌罚赫湔x不謀其利，明其道不計其功。1939年，因抗戰(zhàn)爆發(fā)內(nèi)遷至云南昆明。1940年，輾轉(zhuǎn)遷至四川重慶。

1946年，抗戰(zhàn)勝利，遷回上海。1952年，更名為“上海第一醫(yī)學(xué)院”。1959年，被定為全國16所重點高等學(xué)府之一。1985年，更名為“上海醫(yī)科大學(xué)”。2000年，上海醫(yī)科大學(xué)和復(fù)旦大學(xué)合并辦學(xué)，組建成為新的復(fù)旦大學(xué)。2012年，新的上海醫(yī)學(xué)院成立，作為復(fù)旦大學(xué)黨政的派出機(jī)構(gòu)，根據(jù)學(xué)校的授權(quán)，在大醫(yī)口的人才培養(yǎng)、科學(xué)研究、學(xué)科建設(shè)、發(fā)展規(guī)劃、資源配置、對外交流等方面，行使相對獨立的管理權(quán)限。2017年，中共復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院工作委員會（簡稱上海醫(yī)學(xué)院黨工委）成立，是學(xué)校黨委的派出機(jī)構(gòu)。

2018年12月21日，教育部、國家衛(wèi)生健康委員會、上海市人民政府正式簽約，共建托管復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院及其直屬附屬醫(yī)院。2019年6月14日，復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院領(lǐng)導(dǎo)班子宣布會議舉行。上海市委決定，建立中共復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院委員會和中共復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院紀(jì)律檢查委員會。同日，復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院高水平地方高校試點建設(shè)正式啟動。

有直屬院系所9個。設(shè)有本科專業(yè)9個：臨床醫(yī)學(xué)（八年制）、臨床醫(yī)學(xué)（五年制）、臨床醫(yī)學(xué)（六年制）、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、法醫(yī)學(xué)、預(yù)防醫(yī)學(xué)、公共事業(yè)管理、藥學(xué)、護(hù)理學(xué)，高職專業(yè)1個：護(hù)理。有博士學(xué)位授予權(quán)的一級學(xué)科9個（醫(yī)學(xué)門類6個，非醫(yī)學(xué)門類3個），設(shè)有博士后科研流動站8個：生物學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合、藥學(xué)、公共管理（醫(yī)）、護(hù)理學(xué)。在校博士研究生2487人，碩士研究生2637人，普通本科生3810人，專科生279人，預(yù)科生15人，共計9228人。有中國科學(xué)院院士5人，中國工程院院士5人，教育部“長江學(xué)者獎勵計劃”特聘教授27名，講座教授8名，另有青年長江學(xué)者6名。“國家重點基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃（含重大科學(xué)研究計劃）”項目首席科學(xué)家17人，牽頭2018年度國家重點研發(fā)計劃專項項目9項（含附屬醫(yī)院牽頭4項）、國家科技重大專項課題5項（含附屬醫(yī)院牽頭3項）。國家杰出青年基金獲得者36人，國家自然科學(xué)基金優(yōu)秀青年基金獲得者19人。

有一級學(xué)科國家重點學(xué)科3個：生物學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合，二級學(xué)科國家重點學(xué)科12個：內(nèi)科學(xué)（心血管病、腎病、傳染病）、兒科學(xué)、神經(jīng)病學(xué)、影像醫(yī)學(xué)與核醫(yī)學(xué)、外科學(xué)、眼科學(xué)、耳鼻咽喉科學(xué)、腫瘤學(xué)、婦產(chǎn)科學(xué)、流行病學(xué)與衛(wèi)生統(tǒng)計學(xué)、藥劑學(xué)、社會醫(yī)學(xué)與衛(wèi)生事業(yè)管理；有國家老年疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心、國家放射與治療臨床醫(yī)學(xué)研究中心和國家兒童醫(yī)學(xué)中心；有國家重點實驗室1個：醫(yī)學(xué)神經(jīng)生物學(xué)；教育部重點實驗室5個：醫(yī)學(xué)分子病毒學(xué)、代謝分子醫(yī)學(xué)、智能化遞藥、公共衛(wèi)生安全、癌變與侵襲原理，教育部前沿科學(xué)中心1個：腦科學(xué)；國家衛(wèi)健委（衛(wèi)生部）重點實驗室9個：糖復(fù)合物、抗生素臨床藥理、手功能重建、衛(wèi)生技術(shù)評估、醫(yī)學(xué)分子病毒學(xué)、聽覺醫(yī)學(xué)、近視眼、病毒性心臟病、新生兒疾病，上海市重點實驗室9個：周圍神經(jīng)顯微外科、醫(yī)學(xué)圖像處理與計算機(jī)輔助技術(shù)、器官移植、女性生殖內(nèi)分泌相關(guān)疾病、腎臟疾病與血液凈化、視覺損害與重建、乳腺腫瘤、出生缺陷防治、老年醫(yī)學(xué)臨床。

上海醫(yī)學(xué)院一號醫(yī)學(xué)科研樓（復(fù)星樓）、學(xué)生書院、醫(yī)科圖書館、綜合游泳館、地下停車庫的樓宇已投入使用，二號醫(yī)學(xué)科研樓正在建設(shè)中。

附屬醫(yī)院17所（含籌），分別是復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院、復(fù)旦大學(xué)附屬華山醫(yī)院、復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院、復(fù)旦大學(xué)附屬婦產(chǎn)科醫(yī)院、復(fù)旦大學(xué)附屬兒科醫(yī)院、復(fù)旦大學(xué)附屬眼耳鼻喉科醫(yī)院、復(fù)旦大學(xué)附屬金山醫(yī)院、復(fù)旦大學(xué)附屬上海市第五人民醫(yī)院、上海市（復(fù)旦大學(xué)附屬）公共衛(wèi)生臨床中心、復(fù)旦大學(xué)附屬華東醫(yī)院、復(fù)旦大學(xué)附屬浦東醫(yī)院、復(fù)旦大學(xué)附屬靜安區(qū)中心醫(yī)院、復(fù)旦大學(xué)附屬閔行醫(yī)院、復(fù)旦大學(xué)附屬精神衛(wèi)生中心（籌）、復(fù)旦大學(xué)附屬青浦區(qū)中心醫(yī)院（籌）、復(fù)旦大學(xué)附屬口腔醫(yī)院（籌）、復(fù)旦大學(xué)附屬徐匯醫(yī)院（籌）。