醫(yī)院是全國肝膽病防治技術(shù)示范基地、全國妊娠乙肝防治示范基地，全國脂肪肝規(guī)范診療中心，難治性癌痛規(guī)范化診療示范基地、江蘇省博士后創(chuàng)新實踐基地。國家藥物臨床試驗機構(gòu)。醫(yī)院同時是江蘇省傳染科醫(yī)療質(zhì)量控制中心、省中西醫(yī)結(jié)合肝病研究中心、省病毒性肝炎診療中心、省重癥瘧疾診療中心、省重危孕產(chǎn)婦救治指導(dǎo)中心、南京市消化病臨床醫(yī)學(xué)中心、南京地區(qū)市級胸痛救治中心建設(shè)單位。

醫(yī)院有國家臨床重點專科1個，省重點學(xué)科、專科7個，市重點專科4個，國家中醫(yī)藥管理局重點研究室1個。其中感染性疾病科為國家級臨床重點專科，感染性疾病學(xué)為江蘇省醫(yī)學(xué)重點學(xué)科。傳染科、腫瘤科、婦產(chǎn)科、普通外科、肝病科、結(jié)核科為江蘇省省級臨床重點專科，中西醫(yī)結(jié)合科為江蘇省示范中醫(yī)科，腸道及其他傳染病科、檢驗科、醫(yī)學(xué)影像科、重癥醫(yī)學(xué)科為南京市臨床重點專科，中心實驗室為南京市醫(yī)學(xué)重點實驗室。

多年來，醫(yī)院堅持科技興院，重視科研發(fā)展。近五年獲科研成果37項，其中部級獎2項，省科學(xué)技術(shù)進(jìn)步獎5項，省衛(wèi)計委醫(yī)學(xué)新技術(shù)引進(jìn)獎17項，南京市科學(xué)技術(shù)進(jìn)步獎5項。承擔(dān)國家自然科學(xué)基金13項，傳染病防治國家科技重大專項10項，省部級科研項目30項。編寫專著41部，獲專利證書34項。發(fā)表SCI論文176篇（最高影響因子59.558），中華系列期刊論文90余篇。

“精誠奉獻(xiàn)，惠澤民生”。多年來，南京市第二醫(yī)院堅持公益惠民的宗旨，積極推進(jìn)醫(yī)聯(lián)體建設(shè)，并通過 “黨員示范崗”“黨員志愿者“工人先鋒號”“青年文明號”等創(chuàng)建工作，持續(xù)提升社會效益。醫(yī)院以擔(dān)當(dāng)社會責(zé)任為己任，積極參與非典、重癥甲型H1N1流感、H7N9禽流感、埃博拉等重大傳染病救治，奔赴四川雅安地震災(zāi)區(qū)指導(dǎo)衛(wèi)生防疫工作，圓滿完成青奧會醫(yī)療保障等各項應(yīng)急保障任務(wù)，積極開展援藏、援疆、援非對口支援。醫(yī)院先后榮獲衛(wèi)生部“全國抗非先進(jìn)集體”、中組部“全國抗非先進(jìn)黨組織”、全國抗“非典”工作先進(jìn)基層黨組織、榮獲國家衛(wèi)生計生委“人感染H7N9禽流感疫情防治工作中表現(xiàn)突出單位”、國家埃博拉出血熱疫情防控先進(jìn)集體榮譽稱號。

風(fēng)勁帆揚，砥礪前行，如今的南京市第二醫(yī)院，翻開嶄新的一頁。醫(yī)院將通過建設(shè)江蘇肝健康聯(lián)盟，進(jìn)一步創(chuàng)新互聯(lián)網(wǎng)+醫(yī)院模式，建立分級診療和雙向轉(zhuǎn)診機制，不斷增強醫(yī)療服務(wù)核心競爭力和綜合實力。通過南京中醫(yī)藥大學(xué)、徐州醫(yī)科大學(xué)、東南大學(xué)等平臺，力爭成為專科特色顯著、中西醫(yī)并重、綜合能力強的三級甲等醫(yī)院，并在爭創(chuàng)國家級區(qū)域醫(yī)療中心的道路上，拼搏奮進(jìn)、開拓創(chuàng)新，不斷增進(jìn)人民群眾健康福祉，向著以人民為中心，以健康促小康的目標(biāo)，不斷邁進(jìn)。