“中山醫(yī)學(xué)院”最早得名于1957年，其源頭可以追溯到1866年成立的中國最早西醫(yī)學(xué)校——博濟醫(yī)學(xué)堂。中山醫(yī)學(xué)院的發(fā)展大致可以分為三個階段。

第一階段：從1866年創(chuàng)立博濟醫(yī)學(xué)堂到解放初期院校調(diào)整之前（1866～1953）

1866年，美國傳教士醫(yī)師嘉約翰在廣州設(shè)立博濟醫(yī)學(xué)堂，孫中山先生曾在此學(xué)醫(yī)和從事革命活動。后來，博濟醫(yī)學(xué)堂并入嶺南大學(xué)，成立嶺南大學(xué)醫(yī)學(xué)院。隨后又吸納了私立夏葛醫(yī)學(xué)院。隨后私立夏葛醫(yī)學(xué)院又并入嶺南大學(xué)醫(yī)學(xué)院。

中山醫(yī)學(xué)院的另一個重要的源頭是1909年成立的廣東公醫(yī)學(xué)堂。廣東公醫(yī)學(xué)堂后來發(fā)展成廣東公醫(yī)醫(yī)科大學(xué)，又并入國立廣東大學(xué)，隨大學(xué)更名，成為中山大學(xué)醫(yī)學(xué)院。

第二階段：從解放初期院校調(diào)整到2001年兩校合并之前（1953～2001）

1953年解放初，全國院校調(diào)整，嶺南大學(xué)醫(yī)學(xué)院和中山大學(xué)醫(yī)學(xué)院合并成立華南醫(yī)學(xué)院，隨后廣東光華醫(yī)學(xué)院也并入華南醫(yī)學(xué)院。此后，華南醫(yī)學(xué)院相繼改名為廣州醫(yī)學(xué)院、中山醫(yī)學(xué)院、中山醫(yī)科大學(xué)，并成立中山醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院。這個階段，在著名的醫(yī)學(xué)教育家柯麟的帶領(lǐng)下，中山醫(yī)學(xué)院建立了完善的現(xiàn)代醫(yī)學(xué)教育體系，擁有一批在國內(nèi)外醫(yī)學(xué)界有較大影響力的大師和名家，教學(xué)、科研和醫(yī)療取得了較大的發(fā)展，成為中南地區(qū)最高醫(yī)學(xué)學(xué)府和衛(wèi)生部屬的六所全國重點醫(yī)學(xué)院校之一。

在1960年代，中山醫(yī)學(xué)院擁有梁伯強、謝志光、陳心陶、陳耀真、秦光煜、林樹模、周壽愷、鐘世藩八位國家一級教授，被人稱為“八大教授”，現(xiàn)在北校區(qū)醫(yī)學(xué)圖書館二樓陳列著八位一級教授和柯麟院長的油畫像。

陳心陶教授在防治血吸蟲病方面做出了突出成就，兩次受到毛澤東主席的接見。

第三階段：2001年兩校合并至今（2001～現(xiàn)在）

隨著全國高等醫(yī)學(xué)教育管理體制改革，恢復(fù)了綜合性大學(xué)辦醫(yī)學(xué)教育。2001年10月，原中山大學(xué)和中山醫(yī)科大學(xué)合并為新中山大學(xué)，并成立了中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院，我院進入一個嶄新的發(fā)展階段。

中山醫(yī)學(xué)院在學(xué)科建設(shè)、科學(xué)研究、人才培養(yǎng)、實驗室規(guī)模、實驗儀器設(shè)備等方面均處于國內(nèi)同類學(xué)院前列，已成為一個學(xué)科門類齊全、基礎(chǔ)條件優(yōu)越、教學(xué)科研力量雄厚，在國內(nèi)外有一定影響的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)教學(xué)、科研和技術(shù)開發(fā)基地。