學(xué)校前身是1926年創(chuàng)辦于上海的私立東南醫(yī)科大學(xué)，1930年更名為東南醫(yī)學(xué)院，1949年底響應(yīng)中共中央華東局“面向農(nóng)村，走向內(nèi)地”號召，內(nèi)遷安徽懷遠，成為安徽省第一所高等醫(yī)科院校。1952年遷址合肥，改名為安徽醫(yī)學(xué)院。1985年更名為安徽醫(yī)科大學(xué)。

學(xué)校將現(xiàn)代著名教育家蔡元培先生的題詞“好學(xué)力行，造就良醫(yī)”確立為校訓(xùn)，將“厚德至善，博學(xué)濟世”確立為校風，弘揚“愛國愛民，獻身人類健康”的光榮傳統(tǒng)，秉承“興國、奉獻、仁愛”的育人理念，倡導(dǎo)踐行“崇教、樂教、善教”教風和“求真、求精、求新”學(xué)風，致力于建設(shè)高水平醫(yī)科大學(xué)。

學(xué)校現(xiàn)有梅山路校區(qū)、翡翠路校區(qū)、東校區(qū)（在建）、巢湖校區(qū)、阜陽校區(qū)等5個校（院）區(qū)，校園占地面積2086畝。有直屬教學(xué)機構(gòu)16個，直屬附屬醫(yī)院6所，非直屬附屬醫(yī)院9所。

現(xiàn)有在校全日制普通本科生12883 人，全日制研究生4130人，留學(xué)生434人，繼續(xù)教育學(xué)生17091人。在職教職醫(yī)護員工（含直屬附院）11532人，其中正高395人，副高1052人。校本部教職工1276人，專任教師717人，專任教師隊伍中具有博士、碩士學(xué)位的教師占92%，其中正高職稱123人，副高職稱293人。

學(xué)校以醫(yī)學(xué)為主，醫(yī)學(xué)、理學(xué)、工學(xué)、管理學(xué)、法學(xué)等學(xué)科協(xié)調(diào)發(fā)展。設(shè)有臨床醫(yī)學(xué)（“5+3”一體化）等33個本科專業(yè)。擁有臨床醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)4個博士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科點，35個博士學(xué)位授權(quán)二級學(xué)科點；有13個碩士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科點，63個碩士學(xué)位授權(quán)二級學(xué)科點；擁有1個博士專業(yè)學(xué)位授予權(quán)學(xué)科，9個碩士專業(yè)學(xué)位授予權(quán)學(xué)科。臨床醫(yī)學(xué)、藥理學(xué)和毒理學(xué)、分子生物學(xué)與遺傳學(xué)、生物與生物化學(xué)學(xué)科4個學(xué)科進入ESI全球排名前1%。

學(xué)校建有藥學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)3個博士后科研流動站。擁有1個國家重點學(xué)科，2個國家中醫(yī)藥重點學(xué)科，14個國家臨床重點專科建設(shè)項目，3個省級學(xué)科建設(shè)重大項目，18個省級重點學(xué)科，25個安徽省臨床重點專科。臨床醫(yī)學(xué)、藥理與毒理學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、生物學(xué)等5個學(xué)科獲安徽省屬公辦普通本科高校一流學(xué)科獎補資金項目。建有3個教育部重點實驗室，1個國家衛(wèi)生健康委員會重點實驗室，32個省部級實驗室。有1個教育部科技創(chuàng)新團隊，2個安徽省科技創(chuàng)新團隊，3個安徽省“115”產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新團隊，3個安徽省高校科研創(chuàng)新平臺團隊，1個安徽省高校智庫。

國家自然科學(xué)基金立項數(shù)連續(xù)15年保持省屬高校領(lǐng)先地位。研究成果分別入選2010、2014年度中國科學(xué)十大進展和2012年度中國高校科技十大進展。獲國家科技進步二等獎1項、教育部高等學(xué)校科學(xué)研究優(yōu)秀成果獎一等獎1項、中國青年科技獎2項、中華醫(yī)學(xué)科技獎一等獎4項,安徽省自然科學(xué)獎一等獎4項、二等獎5項。先后在《細胞》《新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志》《自然遺傳》等國際著名SCI刊物發(fā)表多篇高水平論文。

學(xué)校躋身國家“中西部高校基礎(chǔ)能力提升工程”，是國家級大學(xué)生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓(xùn)練計劃承擔高校。有4個國家級高校特色專業(yè)建設(shè)點，2個國家級專業(yè)綜合改革試點，3個國家級卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計劃項目，1個國家級教學(xué)團隊，2門國家級精品課程和2門國家級精品資源共享課，2個國家級實驗教學(xué)示范中心，1個國家級虛擬仿真實驗教學(xué)中心，2個國家級示范性虛擬仿真實驗教學(xué)項目。1門課程入選教育部來華留學(xué)英語授課品牌課程。獲得國家級教學(xué)成果二等獎1項。

有35人次在國際學(xué)術(shù)組織和SCI源期刊任職。7人擔任國家級專科學(xué)會主委，12人入選教育部高校醫(yī)藥學(xué)科教學(xué)指導(dǎo)委員會專家。8人次擔任國家衛(wèi)健委“十三五”規(guī)劃教材主編。10余人獲得全國、全省模范教師、優(yōu)秀教師稱號。
學(xué)校編輯出版的具有CN刊號的醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)期刊有《安徽醫(yī)科大學(xué)學(xué)報》《中國藥理學(xué)通報》《臨床與實驗病理學(xué)雜志》《中華疾病控制雜志》等12種，其中CSCD核心期刊3種，北大核心期刊4種。

校圖書館藏書136萬冊，是全國生物醫(yī)學(xué)文獻資源共享網(wǎng)絡(luò)安徽省級中心館，為安徽省高校數(shù)字圖書館醫(yī)學(xué)分中心、教育部科技查新工作站。

學(xué)校堅持開放、合作、共贏的方針，與軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院、清華大學(xué)、中科院合肥物質(zhì)研究院、香港大學(xué)等建立戰(zhàn)略合作伙伴關(guān)系，與北京航空航天大學(xué)合作開展醫(yī)工交叉創(chuàng)新研究，積極發(fā)展“新醫(yī)科”。目前臨床學(xué)院達50余所，實踐教學(xué)基地90余所，分布于安徽省各地市及北京、上海、江蘇、山東、浙江、廣東、福建、新疆等省（市、自治區(qū)）。

學(xué)校同美國、德國、英國、俄羅斯、澳大利亞、加拿大、意大利、日本、西班牙、瑞典、馬來西亞、加納、埃塞俄比亞、韓國以及臺灣地區(qū)、香港地區(qū)等16個國家和地區(qū)的高等院校廣泛開展合作交流與合作辦學(xué)，雙方互派專家學(xué)者、互派學(xué)生、相互交流信息資料、共同開展人才培養(yǎng)和科研合作。

面向未來，安徽醫(yī)科大學(xué)始終把人才培養(yǎng)、科學(xué)研究、社會服務(wù)、文化傳承創(chuàng)新、國際交流合作貫穿到辦學(xué)興校、立德樹人的全過程，努力實現(xiàn)建設(shè)高水平醫(yī)科大學(xué)的大擔當、培育百千萬良醫(yī)的大責任和服務(wù)人民群眾的大情懷的“安醫(yī)大發(fā)展之夢”，到建校一百年時（2026年），成為走在全國同類高校前列的高水平醫(yī)科大學(xué)，到內(nèi)遷一百年時（2049年），成為國內(nèi)一流、國際知名的高水平醫(yī)科大學(xué)。