醫院設菱湖和東江新城兩院區。菱湖院區坐落在美麗的西子湖畔、菱湖之旁，現有編制床位400張，占地面積2.3萬平方米，建筑面積2.5萬平方米。東江新城院區位于惠州市大湖溪東江新城東升二路，是市委、市政府“八大民心工程”重點建設項目之一，占地面積5.9萬平方米，建筑面積5.5萬平方米，設床位500張。

作為惠州市中醫藥事業發展的“龍頭”，中醫名家匯集的主要陣地，惠州人民養生保健的主要場所，惠州市中醫醫院依傍美麗的東江、百草文化的羅浮山，努力傳承中醫藥文化，發揮中醫藥簡、便、驗、廉的特色優勢，服務于惠州和嶺南地區百姓健康，在惠州市中醫藥事業發展進程中起到了重要的先鋒作用。“崇德篤學敬業濟世”的醫院精神在這里生生不息、代代相傳。 醫院設急診科、骨傷科、內科、外科、婦科、兒科、五官科、肛腸科、口腔科、ICU、針灸康復科等臨床科室。

???????醫院狠抓專科建設和學科建設，積極開展創名院、建名科、樹名醫工程。目前，骨傷科是廣東省中醫藥局“十一五”中醫重點專科，內分泌科、針灸科、心血管科、腦病科、脾胃病科、婦科是廣東省中醫藥局“十二五”中醫重點專科建設項目，糖尿病科、婦科、針灸科是惠州市中醫重點專科，腦病、心病是惠州市中醫重點專病。醫院在技術上追求精益求精，在服務上追求至善至美，在信譽上追求誠信可靠，贏得了廣大患者的信賴和贊譽。

專科專病：設有婦科、宮頸病變專科、月經病專科、不孕癥專科、產科、圍產期保健、高危妊娠專科。

臨床醫療(婦科)：可進行宮頸癌篩查，包括人乳頭瘤狀病毒（HPV）檢測、宮頸液基細胞學（TCT）檢查、陰道鏡、宮頸組織活檢、宮頸LEEP治療等。能處理多種婦產科疑難重癥并能承擔婦產科的各種大型手術，可對子宮肌瘤、卵巢腫瘤、子宮內膜異位癥、子宮腺肌癥、異位妊娠等行開腹或腹腔鏡手術治療，可在宮腔鏡下對子宮內膜息肉、子宮粘膜下肌瘤、子宮縱膈、宮腔粘連等進行手術治療，并可通過宮腹腔鏡聯合手術治療不孕癥。注重手術后的中醫辨證體質調護，促進患者康復。

臨床醫療（產科）：開展圍產期保健，可進行胎兒畸形B超篩查、無創染色體異常篩查等，具有高危妊娠檢測及處理能力。擁有產房4間，獨立溫馨產房2間，新生兒游泳室1間，配有多功能產床、新生兒搶救輻射臺、聽力篩查儀、藍光治療儀、胎心音監護儀中央監控系統，母嬰監護儀。新生兒由新生兒專科醫生管理。

“十一五”以來，惠州市中醫醫院進入了一個新的歷史發展時期，在學科建設、人才培養、教學科研等各方面都取得了顯著成績。尤其是東江新城院區的建設，為醫院發展拓寬了空間，加快了醫院實現美好愿景的步伐，開啟了醫院不斷發展壯大、跨越發展的新篇章。